W grze mamy do wyboru jednostki morskie oraz lądowe. Te pierwsze to najzwyczajniej w świecie statki. Niestety nie ma zbyt wielu ich rodzajów, choć należy przyznać, że pod względem estetycznym są bardzo ładne. I tak dostępny jest duży okręt wojenny i mały okręt wojenny. Różnią się one ładownością i siłą ognia. Do bitew morskich możemy jeszcze użyć okrętu badawczego, ale raczej wówczas, gdy nasza flota już ledwo zipie. Z reguły okręt ten wykorzystywany w szeroko pojętej eksploracji w świecie Anno.

Jeśli chodzi o wojska lądowe to tutaj mamy znacznie szersze pole manewru. Możemy podzielić je na trzy podgrupy: piechotę, kawalerię i artylerię. Wśród piechoty wyróżnić należy: milicję – lekko uzbrojoną, niedrogą w utrzymaniu, nadającą się raczej do patrolowania i przejmowania budynków wroga nie zaś do walki wręcz; piknikierów – uzbrojonych w piki oraz ciężki pancerz, dzięki czemu są dość powolni, ale odporni na ataki, dobrze radzą sobie w walce z kawalerią, można ich wyszkolić w dowolnym budynku wojskowym; grenadierów – jak sam nazwa wskazuje są to jednostki wyposażone w granaty a także szable, są, więc lekko uzbrojeni, ale potrafią działać z dalszej odległości siejąc popłoch wśród artylerii. Do kawalerii zaliczymy: lansjerów – szkoleni są w fortecach, sieje spustoszenie zwłaszcza pośród piechoty; dragonów – można powiedzieć, że to jednostki elitarne, bardzo szybkie potrafiące wyrządzić szkodę niemal każdym innym rodzajom wojsk. UWAGA! Do wyszkolenia jednostek kawalerii potrzebne będą konie, można je zdobyć drogą handlową jak i poprzez wybudowanie własnej stajni. W artylerii mamy do wyboru: jednostki wyposażone w moździerze, szkolone są w garnizonach po uprzednim przeprowadzeniu badań w szkole, posiadają działa o krótkim zasięgu, służą przede wszystkim do atakowania budynków wroga; jednostki wyposażone w haubice – Posiadają większy zasięg od moździerzy, lecz są bardziej powolne, ich wyszkolenie także poprzedza przeprowadzenie odpowiednich badań.

UWAGA! Liczebność jednostek możliwych do zwerbowania zależy zarówno od kondycji finansowej jak i aktualnego poziomu ludności.

Poruszanie jednostkami jest proste i intuicyjne zwłaszcza, że po kliknięciu na dany oddział w prawym dolnym rogu pojawia się panel sterujący jedną bądź kilkoma jednostkami w zależności od tego ile ich zaznaczyliśmy. Możemy wyznaczyć kurs patrolu czy ustalić ofensywną bądź obronną postawę bojową. Podobnie rzecz się ma w przypadku okrętów, w tym przypadku dzięki panelu sterującemu możemy wydać rozkaz patrolu bądź eskortowania danego statku, co szczególnie przydaje się do obrony szlaków handlowych – gdy dobrze zorganizujemy ochronę nawet Ramirez niechętnie użyje swego oręża przeciwko nam.

Oddziały możemy załadować na statek i przetransportować na terytorium przeciwnika wystarczy tylko kliknąć na odziały i wskazać statek znajdujący się na brzegu, do którego mają wejść.

Na pierwszy rzut oka trochę to skomplikowane jednak, jeśli chcemy pokonać nieprzyjaciela jak najmniejszym kosztem opanowanie wyżej wymienionych zależności może okazać się niezbędne. Z drugiej strony osoby niewykazujące zdolności strategicznych, jeśli tylko stworzą armię dużo liczniejszą od przeciwnika i rzucą wszystkie oddziały w wir walki zapewne wygrają, lecz zwycięstwo to okupione będzie krwią wielu poległych oraz zubożeniem skarbca. No i pozostaje kwestia tego jak spojrzeć w oczy rodzinom ofiar. Dlatego dbajcie o swoich żołnierzy, bo każda nawet najmniejsza jednostka jest bezcenna. W końcu przybywamy z misją tworzenia nowego lepszego świata.